Corría el siglo XIX y Buenos Aires era todavía “La Gran Aldea”. En el barrio de Constitución estaban arraigadas varias familias patricias, entre las que se encontraba la formada por Marcelino Rodríguez, muy devoto de la Virgen y Mártir Santa Catalina de Alejandría, cuya imagen había traído de España. Fue entonces que concibió la idea de mandar edificar con sus recursos económicos y en terrenos propios, una capilla dedicada a Santa Catalina Virgen y Mártir.
En 1860, luego de haber pedido autorización al Obispo, se iniciaron las obras. El 25 de noviembre de 1861 y, coincidiendo con la festividad de Santa Catalina, se inauguró la capilla dedicada a la Santa. El estilo arquitectónico de la capilla tenía influencias góticas, cuyas líneas se conservaron en las posteriores ampliaciones. En 1875 fallecía el fundador de la obra, Marcelino Rodríguez, y fueron herederos de sus bienes sus dos hijos: Gregorio y José. Gregorio continuó con la obra iniciada por su padre. No fue fácil este traspaso pero, finalmente, resolvieron ceder el lote al Arzobispo de Buenos Aires. El Presbítero Carlos Palomar intercedió para que esas propiedades fueron traspasadas al dominio de la Sociedad Salesiana, trabajo que rindió sus frutos ya que fueron cedidas.

El primer Director Salesiano de Santa Catalina fue el R. P. Juan Paseri quien ejerció el cargo por pocos meses y, en 1885, lo sucedió el R. P. Víctor Durando.
El P. Durando se desempeñó como Director del Colegio hasta mayo de 1894. En esa época, el colegio contaba con cursos elementales hasta 4° grado y funcionaba en las que fueron las naves laterales que se agregaron posteriormente a la iglesia. Durante su gestión directiva, se ampliaron las instalaciones del Colegio, dotándolo de nuevas comodidades y completando los grados de la enseñanza primaria. Le sucede el P. Juan Gasparoni.
En 1895 lo sucedió el R. P. Pedro Milano quien mandó modificar las construcciones que se encontraban a los costados del templo, transformándolas en las dos naves laterales. Ladrillo por ladrillo surgió la majestuosa y esbelta torre de estilo gótico. En 1901 coronada con la imagen  del Redentor, cumplió más de medio siglo de existencia.

El 3 de mayo de 1902 el Padre Bartolomé Molinari fundaba la Asociación de los devotos de María Auxiliadora; los miembros de esta Asociación se dedicarán a difundir una especial devoción a la Santísima Virgen, honrándola de una manera particular los días 24 de cada mes y, muy especialmente, durante el mes de mayo, a Ella consagrado.

En 1906, sucedió al P. Milano, el R. P. Luis Macchi. Bajo su dirección se funda el Centro de Ex Alumnos del Colegio en 1907. Ellos se han impuesto una misión, y es la realización, por medio de obras de apostolado, de hacer extensible a otros ambientes, lo que aprendieron y asimilaron durante los años transcurridos en el Colegio como alumnos.
En 1916 se logra concretar la fundación del Batallón 4 de Exploradores Argentinos de Don Bosco.

En 1927 se adquiere la propiedad ubicada sobre la calle Caseros 861 al 865 y, en 1928, la ubicada en Piedras 1565.
En 1930 se dio comienzo a las obras de construcción del edificio destinado a la Escuela Normal.

En 1931 el Padre Tavella crea la Unión de Padres de Familia, asociación que tiene como principal objeto el acercamiento entre las familias de los alumnos y la Escuela. Luego será el 1° Obispo de Salta.
En 1932 se inaugura el nuevo edificio de la sección Normal, sobre la calle Piedras, y comienzan a funcionar los cursos del Magisterio.

En 1946 comienza a funcionar el Bachillerato. Con lo cual el Instituto Santa Catalina crece. En su transcurso (1947) se procede a inaugurar el nuevo edificio que da a la calle Brasil.

En 1953, ante el peligro de que la estructura del Templo pudiera ceder, se resuelve iniciar la demolición y afrontar posteriormente la construcción de una nueva iglesia. Mientras se ejecutan los trabajos de demolición de la iglesia y hasta tanto se termine de construir la cripta, se habilita el local del Centro de Ex Alumnos a fin de poder celebrar los cultos religiosos.